为适应创新型国家建设和社会发展对高层次人才的新要求，保证我院研究生的培养质量，突出研究生创新能力和综合素质的培养，进一步优化和规范研究生培养过程，各培养单位必须结合自身的特点和发展需要，在已获培养授权的学科专业内，修订研究生培养方案，并以此作为进行研究生培养工作的主要依据。为指导各培养单位研究生培养方案的修订工作，特提出如下意见。
一、基本原则
1. 本指导意见适合于哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学等十二个学科门类的研究生培养方案的修订。
2. 按照“三统一、四结合”的办学方针，遵循“要求一致、共性统一、个性自治”的原则，我院研究生培养方案的修订工作以培养单位为基础，各培养单位的研究生培养方案要即反映国家、中国科学院大学对研究生培养质量的基本要求，又体现本单位研究生培养的优势和特色。
3. 各培养单位应以教育部颁发的《关于修订研究生培养方案的指导意见》（教研办〔1998〕1号）和《关于加强和改进研究生培养工作的几点意见》（教研办〔2000〕1号）等文件规定为指导，认真总结本单位的研究生培养经验，积极吸取有关学位与研究生教育的各项工作成果，大胆吸收、借鉴国内外先进的研究生培养经验和管理模式，根据本意见的基本要求修订研究生培养方案。
4. 研究生培养方案应包括培养目标、学科专业及研究方向、培养方式及学习年限、课程体系和学分要求、必修环节与要求以及学位论文工作等基本内容，其他内容各单位根据本单位研究生培养情况确定。
二、培养目标
培养目标应根据国家对学位授予者的基本要求，结合不同学科专业、不同类型和不同层次的研究生培养以及本单位的特点，阐明对本学科专业博士或硕士学位获得者在基础理论和专门知识方面应达到的广度和深度，科学研究能力或独立承担专门技术工作能力，以及政治思想、道德品质、身心健康等方面的要求。其中博士学位获得者应在科学或专门技术上做出创造性的成果。
三、培养类型及学习年限
我院研究生培养分为硕士研究生和博士研究生两个相对独立的培养层次。博士研究生按照招考方式，分为公开招考、提前攻博和硕博连读等三种类型。
我院研究生培养实行基本学制基础上的弹性学制，各培养单位参照《中国科学院大学学生管理规定》，确定本单位研究生的学习年限。
四、学科专业及研究方向
学科专业是指各培养单位已获培养授权的学科、专业及层次。各培养单位结合本单位科研布局和发展定位，确定各学科专业的研究方向。各学科专业研究方向的设置需科学、规范，宽窄适度，相对稳定，设置研究方向的基本依据：
1. 有学术带头人和结构较合理的学术梯队。?
2. 有较好的科研基础、科研条件和科研成果。?
3. 交叉学科应具有明显的学科发展潜力。
五、培养方式
我院研究生培养采取“两段式”的培养模式，包括课程学习和科研实践两个阶段；实行导师或导师小组负责制。导师或导师小组负责指导研究生科研工作，关心研究生政治思想品德，并在严谨治学、科研道德和团结协作等方面对研究生严格要求，配合、协助研究生教育管理部门做好研究生的各项管理工作。
课程学习阶段是指研究生通过集中授课等方式，遵循《中国科学院大学研究生课程集中教学管理规定》，完成基础理论和专门知识的学习。研究生应尽量在第一学年课程学习阶段完成列入培养方案的学位课和非学位课学习，对因研究生院集中教学（或合作高校）课程开设未能满足的，可由培养单位自行开设并在学生毕业之前完成。
科研实践阶段是指研究生在各个研究生培养单位中，依托导师所在单位的科研项目、科研条件和科研设施，进行科研实践和开展学位论文工作，培养研究生科学研究能力或独立承担专门技术工作能力。
六、课程体系及学分
我院对研究生课程实行学分制管理。研究生获得学位所需的学分，由课程学习学分和必修环节学分两部分组成，二者不能相互替代。
研究生修读的课程包括学位课和非学位课等。学位课是为达到培养目标要求，保证研究生培养质量而必须学习的课程，分为公共学位课和专业学位课两类。非学位课是为拓宽研究生知识面、完善知识结构或加深某方面知识而开设的课程。
1. 硕士研究生申请硕士学位前，课程学习总学分不低于30学分，其中学位课学分不低于19学分。其学位课程体系及学分要求如下：
（1）公共学位课7学分，包括政治理论课和一门外国语。
（2）专业学位课不低于12学分，包括学科基础课、专业基础课和专业课等。
2. 硕博连读研究生在申请博士学位前，课程学习总学分不低于37学分，其中学位课学分25学分。其学位课程体系及学分要求如下：
（1）公共学位课9学分，包括政治理论课程二门和外国语类课程二门。
（2）专业学位课不低于16学分，包括学科基础课、专业基础课和专业课等。
3. 公开招考博士研究生在申请博士学位前，必须取得课程学习总学分不低于7分，其中包括政治理论课程和外国语类课程等二门公共学位课3学分，二至三门专业学位课4学分。
4. 提前攻博研究生的课程学习，在硕士阶段按照硕士研究生课程学习要求执行，在博士阶段按照公开招考博士研究生课程学习要求执行。
各培养单位应按照《中国科学院大学研究生课程设置方案》，参照《中国科学院大学研究生课程集中教学管理规定》的基本要求，确定本单位各学科的硕士研究生和博士研究生课程体系和具体要求。
七、必修环节及要求
博士研究生和硕士研究生的必修环节包括开题报告、中期考核、学术报告和社会实践，必修环节的总学分数不少于五学分。必修环节具体实施和学分数由各培养单位根据实际情况确定。
研究生必须调研、查阅中外文献，了解本学科或本研究方向国内外研究进展，确定研究内容，完成学位论文开题报告。开题报告应包括选题的背景意义、国内外研究动态及发展趋势、主要研究内容、拟采取的技术路线及研究方法、预期成果、论文工作时间安排等。
开题报告由培养单位组织，除保密论文外，开题报告应公开进行。开题报告具体时间由各培养单位自行确定，但距离申请学位论文答辩的时间一般不少于一年半。
在学位论文工作的中期，各培养单位应组织考核小组，对研究生的综合能力、论文工作进展情况以及工作态度和精力投入等进行全面考查。通过者，准予继续进行论文工作。
除保密论文外，中期考核应公开进行，具体时间由各培养单位自行确定，但距离申请答辩的时间一般不少于半年。
研究生在学期间应参加课题组的学术讨论会和国内外的各类学术活动，参加社会调查和公益活动等社会实践活动。
各培养单位应根据自身的实际情况确定本单位研究生参加科研实践、学术报告和社会实践活动的具体要求。
八、博士研究生资格考核
鼓励与提倡各培养单位实行博士研究生资格考核制度。博士研究生资格考核是博士研究生正式进入学位论文研究阶段前的一次综合型考核，重点考察博士研究生是否掌握坚实和宽广的学科基础和专门知识；是否能综合运用这些知识分析和解决问题；是否具备进行创新性研究工作的能力。考核方式由培养单位根据各自的实际情况，采取笔试、专业综合知识答辩等方式。
九、相对标准考核
为保证研究生培养质量，要求各培养单位实施多级分流的相对标准考核，即在文献综述、开题报告、中期考核、博士资格考核等几个关键环节中，由各单位自主选择至少一个关键环节，组织统一考核，实行相对比例的通过率。对于未通过考核的研究生，按照《中国科学院大学学生管理规定》进行分流。
相对标准考核的具体方式、考核通过率以及允许每个研究生参加考核的最多次数等由各培养单位根据实际情况自主确定，所确定的考核方式和内容可列入各单位培养方案，也可单独行文报研究生院培养办备案。
十、学位论文
各培养单位可对不同层次学位论文的质量（学术性、系统性、创新性等）提出具体要求，还可对学位论文工作的阶段考核做出规定。
学位论文撰写、评阅和答辩等环节，各培养单位应根据《中国科学院大学学位授予工作细则》的要求，制订具体实施方案，并组织落实。